Hiện tại, cả Trung Quốc và Nhật Bản đều thừa nhận các hành vi tàn ác có xảy ra trong chiến tranh. Tuy nhiên, những tranh cãi về sự miêu tả những sự kiện đó đã trở thành một vấn đề gây căng thẳng chính trị giữa Trung Quốc và Nhật Bản.

Những hành động tàn ác ngày càng lan rộng của binh lính Nhật Bản tại Nam Kinh lần đầu tiên đã được thông tin tới Thế giới thông qua các phóng viên phương Tây tại An toàn khu Nam Kinh. Ví dụ, ngày 11 tháng 1 năm 1938, phóng viên tờ Manchester Guardian, Harold Timperley, đã gửi báo cáo về ước tính của mình "không ít hơn 300.000 thường dân Trung Quốc" đã bị giết hại trong những cuộc "tắm máu" tại nam Kinh và những nơi khác. Báo cáo của ông đã được Kōki Hirota truyền từ Thượng Hải tới Tokyo, và được chuyển tới các đại sứ quán Nhật tại châu Âu cũng như Hoa Kỳ. Những báo cáo về các hành động tàn bạo của người Nhật chống lại thường dân Trung Hoa của các nhà báo Mỹ, cũng như Panay incident, ngay trước việc chiếm đóng Nam Kinh, đã giúp thay đổi hướng ý kiến đại chúng Mỹ chống lại Nhật Bản. Những điều đó, dù chỉ một phần, đã dẫn tới một loạt các sự kiện dẫn tới việc Hoa Kỳ tuyên chiến với Nhật Bản sau vụ tấn công Trân Châu Cảng của họ.

Hai sĩ quan Nhật Bản, Toshiaki Mukai và Tsuyoshi Noda thi xem ai sẽ giết (bằng một thanh kiếm) một trăm người trước. Dòng chữ đậm phía trên, "'Kỷ lục ghê rợn' (trong Cuộc thi) giết 100 người —Mukai 106 – 105 Noda—Cả hai Trung úy hạng nhì vào tới lượt chơi thêm"

Sự quan tâm của Nhật sau 1972

Sự quan tâm tới vụ Thảm sát Nam Kinh đã mất dần và hầu như bị quên lãng cho tới tận năm 1972, năm Trung Quốc và Nhật Bản bình thường hóa quan hệ ngoại giao. Tại Trung Quốc, để nuôi dưỡng mối quan hệ thân thiện mới được thành lập với Nhật Bản, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa dưới sự lãnh đạo của Mao Trạch Đông bề ngoài có vẻ không muốn đề cập tới vụ Thảm sát Nam Kinh trên các phương tiện truyền thông, vốn bị Đảng cộng sản trực tiếp điều khiển. Vì thế, toàn bộ cuộc tranh cãi về vụ thảm sát Nam Kinh trong thập niên 1970 chỉ diễn ra tại Nhật Bản. Trong lễ kỷ niệm sự kiện bình thường hóa quan hệ, một tờ báo lớn tại Nhật Bản, tờ Asahi Shimbun đã cho đăng một loạt bài báo với tựa đề "Travels in China" (中国の旅, chūgoku no tabi?), do nhà báo Katsuichi Honda viết. Các bài báo đã mô tả chi tiết những hành động tàn bạo của Quân đội Nhật Bản tại Trung Quốc, gồm cả vụ Thảm sát Nam Kinh. Trong loạt bài này, Honda đã đề cập tới một sự kiện khi hai sĩ quan Nhật Bản thi chặt đầu 100 người bằng thanh kiếm của mình. Sự thực về vụ việc vẫn đang bị tranh cãi gay gắt và những người chỉ trích vẫn cố gắng nắm lấy cơ hội để đưa ra ý kiến của mình về sự kiện, cũng như về cả vụ Thảm sát Nam Kinh và toàn bộ các vấn đề liên quan. Đây được coi là sự bắt đầu của cuộc tranh cãi về vụ Thảm sát Nam Kinh tại Nhật Bản.

Cuộc tranh cãi liên quan tới sự xảy ra trên thực tế của những vụ giết hại và hãm hiếp diễn ra chủ yếu trong thập kỷ 1970. Ý kiến của Chính phủ Trung Quốc về vấn đề này khi ấy đã bị chỉ trích, bởi vì họ dựa quá nhiều vào những lời chứng từ phía các cá nhân và những câu chuyện ít tính tin cậy. Những bản ghi chép về các cuộc chôn cất và các bức hình được đệ trình tại Tòa án Tội phạm Chiến tranh Tokyo cũng bị bác bỏ, với lý lẽ cho rằng chúng là những giả mạo của chính phủ Trung Quốc, những bằng chứng đã bị gán ghép một cách cố ý hay sai lầm cho vụ Thảm sát Nam Kinh.

Mặt khác, những cuộc khai quật và nỗ lực đánh giá lại lịch sử gần đây cho thấy con số thương vong ban đầu có thể còn dưới mức thực tế bởi sự thực rằng một số lớn người tị nạn từ các tỉnh khác và bị giết hại tại Nam Kinh vẫn chưa được xác nhận cho tới gần đây.[cần dẫn nguồn]

Nhà phân phối Nhật của bộ phim Hoàng đế cuối cùng (1987) đã xuất bản phim lưu trữ về vụ Hãm hiếp Nam Kinh của bộ phim này.[26]

Cuộc tranh cãi về sách giáo khoa Ienaga

Tranh cãi một lần nữa lại nổ ra năm 1982, khi Bộ giáo dục Nhật Bản kiểm duyệt tất cả những lời đề cập tới vụ Thảm sát Nam Kinh trong một cuốn sách sử. Lý do được bộ đưa ra là vụ Thảm sát Nam Kinh không phải lạ một sự kiện lịch sử đích thực. Tác giả của cuốn sách, giáo sư Saburō Ienaga, đã kiện Bộ giáo dục trong một vụ kiện kéo dài, và thắng kiện với tư cách nguyên đơn năm 1997.

Một số vị bộ trưởng trong nội các Nhật Bản, cũng như một số nhà chính trị cao cấp, cũng đã đưa ra những lời bình luận bác bỏ những hành động tàn ác do Quân đội Nhật Bản tiến hành trong Chiến tranh thế giới thứ hai. Sau này một số người đã từ chức sau những hành động phản đối từ phía Trung Quốc và Hàn Quốc. Để đối phó lại việc đó và những sự việc tương tự, một số nhà báo và sử gia Nhật Bản đã thành lập Nhóm Nghiên cứu vụ việc Nam Kinh (Nankin Jiken Chōsa Kenkyūkai). Nhóm nghiên cứu đã thu thập rất nhiều tài liệu lịch sử cũng như lời chứng từ phía những nguồn tin Trung Quốc và Nhật Bản.

Các thành viên bảo thủ hơn bên trong chính phủ cảm thấy sự khám phá những tội ác do quân đội Nhật Bản tiến hành đã tạo ra một phong trào Chủ nghĩa Quốc gia Trung Quốc. Họ bị buộc tội đã cố tình giảm bớt số lượng thương vong bằng cách thao túng sửa đổi dữ liệu.